PT Kereta Api Indonesia (Persero) Daerah Operasi 1 Jakarta mulai menerapkan sistem pemilahan sampah di Stasiun Pasar Senen sebagai bagian dari upaya menciptakan lingkungan stasiun yang lebih bersih, sehat, dan ramah lingkungan. Sebagai bentuk dukungan terhadap program tersebut, di area Stasiun Pasar Senen kini telah tersedia fasilitas tempat sampah terpilah yang dibedakan berdasarkan jenis sampah, mulai dari organik dan anorganik. Fasilitas tersebut disediakan agar pelanggan dapat langsung memilah sampah sejak awal saat membuang sampah di area stasiun.
